Browsing by Author "蔡宜倫"

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    具兩對雙硫鍵胜鏈折疊之分子動力學模擬
    (2005) 蔡宜倫
    本論文是利用分子動力學模擬研究具有二組雙硫鍵的螺旋胜鍵的再折疊機制。在23條軌跡中，有20條軌跡折疊時間平均約10奈秒，其餘3條軌跡在100-200奈秒的模擬時間內並未能折疊至自然狀態。另外，不同起始軌跡23條軌跡中，有16條軌跡折疊至自然狀態，平均折疊時間約10奈秒，統計結果與之前結果有良好的一致性。在未折疊至自然態的8條軌跡中，觀察到其中5條軌跡形成中間態主因為非局部性、非自然氫鍵，而後更進一步地分析其餘3組軌跡，發現模擬時若有2組以上非自然氫鍵存在時，十分容易形成中間態構形，另外，我們也作了疏水聚集的測試，發現影響疏水作用力對折疊過程並無顯著影響。就目前所知，是首次以具有雙硫鍵的短胜鍵所進行的分子動力學模擬。