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以兩性離子親水層析法剖析唾液酸醣蛋白體
(2016) 林育賢; Lin,Yu-Hsien
唾液酸化在許多細胞的功能表現中扮演一個很重要的角色。由於低含量、唾液酸醣胜肽離子低游離效率以及在純化的過程中，常常會發現唾液酸會脫離醣胜肽，因此用來提升純化唾液酸醣蛋白專一性以及偵測極限的分析工具成為了學者們感興趣的題目。在這邊，我們使用了正電荷基團裸露在材料外側的兩性離子親水層析管柱(ZIC-cHILIC)來純化唾液酸醣胜肽，希望能夠提升正電荷基團與帶負電荷的唾液酸之間的電子交互作用力進而提升純化的效率。藉由使用兩性親水離子層析管柱搭配直接沖堤分析物的方法並且利用質譜儀進行偵測，我們分別使用65%、60%、55%、50%和40 % ACN 進行直接冲堤，鑑定到了117、104、108、 134、136和52條醣胜肽，其中含有82、76、86、97、95和37條唾液酸醣胜肽。另外，我們也進一步採取階段式冲堤分析物的方法，使用不同百分比的乙腈冲堤出不同梯度的分析物。我們透過了兩性親水離子層析管柱並且利用0%-70%的乙腈冲堤並結合五個梯度的分析物，可以將使用基質輔助雷色脫附游離飛行質譜儀偵測到的唾液酸醣胜個數共32條(質荷比區間在3000到7500)。除此之外，我們使用這個策略對非小型細胞肺癌細胞株之中的唾液酸醣蛋白體進行分析。在蛋白質體學的分析中，我們分別使用了MAGIC和Byonic軟體，分別鑑定到了751條、1349條唾液酸醣胜肽。不同類型的醣結構，分別由兩個、三個、四個分支組成，像是 (1) 分支中沒有岩藻醣或是末端有唾液酸醣修飾(2) 分支中有岩藻醣或是末端有唾液酸醣修飾(3) 分支中僅有末端唾液酸醣修飾。並且，在這些醣胜肽中包含了在非小型細胞肺癌細胞株中十分重要的蛋白質EGFR蛋白13個醣基化點中的9個。總括來說，我們使用了兩性離子親水層析管柱並且搭配階段式梯度冲堤法有效的提升了鑑定唾液酸醣胜肽的專一性，並且增加了蛋白質體的覆蓋率。
以奈米探針親和質譜法分析單一醣蛋白質體學於肝疾病中之差異
(2015) 陳威君; Chen, Wei-Chun
現今診斷肝癌最常見的方法，如超音波掃描影像檢查或血清檢驗甲型胎兒蛋白(alpha-fetoprotein, AFP)濃度，都仍無法正確分辨癌症腫瘤特性或對甲型胎兒蛋白偵測的靈敏度及特異度不足。為了找尋出高靈敏度以及特異性的理想腫瘤標記分子，許多研究開始朝向分析肝疾病中標記蛋白的醣基化修飾與其變化。由許多文獻指出，血紅素結合蛋白(Haptoglobin, Hp)上的醣基化修飾的變化跟發展成肝癌的過程中有很大的關係，因此在本篇論文中，我們發展出兩種不同的親合性奈米探針結合質譜分析技術，對於單一生物標記血紅素結合蛋白上醣基化修飾在肝疾病中的改變研究，以找出早期診斷肝癌的腫瘤標記分子。第一個策略是用磁性奈米粒子修飾上跟目標蛋白血紅素結合蛋白有親和性的血紅蛋白(Hemoglobin, Hb)，純化出血液中的血紅素結合蛋白，再利用親水性作用層析法(Hydrophilic interaction chromatography，HILIC)萃取其醣胜肽，並結合質譜分析以鑑定特定位點之醣型。此研究分析了33例肝疾病病患，包括11例肝癌、11例肝硬化以及11例B型肝炎病人。我們成功地在肝癌、肝硬化以及B型肝炎病人分別鑑定到183、169、164條醣胜肽，醣基化的位置是位於天冬醯胺(Asparagine, Asn) Asn184, Asn207, Asn211以及Asn241。由比對醣胜肽的結果得知，約有2種雙角分支之唾液酸醣結構可在每一肝疾病族群中大於10個病人以上鑑定而得。此外，我們鑑定到28個獨特的醣胜肽在肝癌中出現，其中包括了5個雙角分支及三角分支的核心岩藻醣型，推測這些特定位點的獨特醣型可能有助於區分肝癌、肝硬化與B型肝炎病人。因此，這些常見或獨特的岩藻醣基化或是帶有不同分支的醣結構在不同醣基化位置的變化，將可提供肝癌在早期診斷的新方向。在第二部分，我們發展出一鍋化(One Pot)策略對於蛋白質以及醣胜肽純化以及生物標記分子醣基化修飾的鑑定。同時利用兩種奈米探針：修飾上血紅蛋白的二氧化矽奈米粒子(Hb@SiO2)純化目標蛋白; 修飾上配位體的磁性奈米粒子(ligand@MNP)純化出醣胜肽。經過條件最佳化以及方法評估後，此一鍋化方法可以減少兩倍以上的醣胜肽含量和醣胜肽鑑定數目的流失。我們將此策略也應用在肝病病患的分析上(三例肝癌，三例肝硬化及三例B型肝炎病人)，亦有效鑑定到雙角分支之岩藻醣基化結構只會在肝癌中出現，且不存在於肝硬化病人以及B型肝炎病人中。此一鍋化方法不僅可以增加醣胜肽的鑑定，對於特定醣結構(岩藻醣基化以及唾液酸苷化)的研究也有更好的偵測靈敏度。
以奈米探針質譜法分析消化道癌症細胞中血清澱粉蛋白異構體
(2022) 吳景斌; Wu, Jing-Bin
消化道癌症在世界各地都有很高的發生率在台灣亦同，他們對病人及健保體系都造成相當程度的負荷。發展更具效率的診斷工具勢必能夠緩解此負擔。血清澱粉蛋白A(SAA)為一種急性反應蛋白並與多種癌症皆有所關聯。我們團隊於先前發現了24種SAA的等位基因異構體，在健康個體與胃癌病人中其多變複雜的表現模式能夠運用於胃癌病人的診斷。然而，SAA異構體產生的來源至今仍尚未明瞭。為了進一步了解SAA異構體產生的機制和異構體的癌症特異性與否，我們想藉由癌症細胞模型來模擬病人中SAA的分泌與修飾來了解血清中的SAA異構體的特性，並比較病人及細胞的結果解析在不同癌症群體中是否具有癌症特異性的異構體。在與高雄醫學大學吳登強醫師的合作下，我們使用兩種癌症細胞:肝癌(Huh7、HepG2、Hep3B)、胃癌(AGS、N87)及正常細胞(GES-1)並設計以細胞激素 (IL-6, IL-1β, TNF-α) 加以刺激來進行實驗。藉由半自動化的奈米探針純化方法並結合基質輔助雷射脫附游離飛行時間質譜儀 (MALDI – TOF – MS)來分析細胞液中的SAA異構體形式。由於細胞液中所含有的SAA濃度很低，我們運用了濃縮過濾的方法，在其濃縮過程能留住目標蛋白也能達到除鹽功效。首先，我們根據美國食品藥物管理局的指南進行方法確效，建立5 -200 ng的校正曲線，且經對數轉換亦有良好的線性(r2 = 0.9859)，最低點5 ng其異日間變異數為14.1%。肝癌細胞(HepG2)經過IL-6, IL-1β刺激後透過西方點墨法(Western blotting)我們能觀察到SAA而(MALDI – TOF – MS)卻無信號產生；而肝癌細胞(Huh7、HepG2、Hep3B)在IL-6, IL-1β, TNF-α共同刺激下SAA分泌顯著上升並且Western blot與MALDI – TOF – MS皆可偵測。在正常胃細胞(GES-1)具11683 (SAA1α)、11655 (SAA1γ(R−))、11491(SAA2β(R−))、11404 (SAA2β (RS−))等異構體而胃癌(AGS、N87)中卻無任何異構體的表現。在肝癌細胞中(Huh7、HepG2、Hep3B)只有找到11683 (SAA1α)、11629 (SAA2γ) 等完整型異構體。比較肝癌細胞與肝癌病人中SAA的表現形式，兩者可以找到相同的完整型異構體，而在細胞中無截斷型異構體存在。結果推測SAA可能在病人檢體與細胞中具不同的修飾作用，而人體血清中可能存在一些與癌症相關的蛋白酶作用並涉及N端、C端截斷等修飾作用。簡而言之，我們改善的方法能夠運用於細胞且在肝癌細胞及正常胃細胞中能夠檢測到SAA的表現。未來，我們想透過細胞共培養系統,來更進一步驗證假說中受傷的細胞與正常細胞間的交互作對SAA造成的影響。
以平行反應監測質譜法定量分析肝癌之醣蛋白生物標記
(2019) 謝宜庭; Hsieh, Yi-Ting
肝癌在癌症中致死率為第三名。然而，目前診斷肝癌的工具的靈敏度及專一性有限。甲型胎兒蛋白是目前臨床上常使用的生物標記蛋白，然後在40%的肝癌病患濃度卻是比較低的 (2 ng to 20 ng/mL )，造成誤判此需要一個好的血清標記作為肝癌的診斷，特別是針對肝癌初期的病患，因為在早期癌症是沒有症狀的。蛋白質的醣基化修飾的疾病生物標的已廣受積極探討，因為醣基化的表現量與其結構異質性之變異已與包含癌症等幾種疾病有關。此研究中，我們嘗試針對肝癌（HCC）的生物標的蛋白紅血球結合蛋白 (Haptoglobin，Hp）中的位點特異性糖基化進行量化。我們的團隊於先前已經利用非靶向質譜方法（untargeted-MS）和生物資訊分析找出可能在肝癌患者中具有表現上升的 19 個Hp 特殊醣型。為了驗證這些可能的醣胜肽，在此論文第一部份，我們開發了一種奈米探針結合質譜的技術，平行反應監測（PRM-MS），以應用於這19 個醣胜肽依據不同的醣胜肽修飾 (價數，氧化，鈉的加合物) 衍生出49個衍生物醣胜肽的定量。利用以血紅蛋白修飾的磁性奈米探針（MNP@Hb）從血清中純化出 Hp，經由酵素水解消化後，再進行親水性作用層析法 (Hydrophilic interaction chromatography，HILIC) 將醣胜肽做進一步分離與濃縮。在質譜技術方面，為了減少干擾物的干擾，每條醣胜肽都有最佳的分離窗口，有干擾勿干擾的醣胜肽前驅物就會選擇狹小的分離窗口 0.7 Da 到 1.2 Da；沒有干擾勿干擾的前驅物就會選擇1.4 Da 的分離窗口。在此論文的第二部分，將此方法應用於 51個肝炎，54個肝硬化、34個低濃度甲型胎兒蛋白 (20 ng/mL)的肝癌和17個高濃度甲型胎兒蛋白(>20 ng/mL)。利用SDS-PAGE及銀染，來檢測血紅蛋白修飾的磁性奈米探針（MNP@Hb）對紅血球單白標準品的純化效率，其純化效率約為85% 到100%。血紅蛋白修飾的磁性奈米探針2的最大純化量是 5μg。在醣胜肽的平行反應監測質譜法定量的方面，是利用碎片離子的總和及使用內標準品 (SGP) 校正醣胜肽含量。在這些疾病群中，有條醣胜肽在位點N184上的兩個分支含有核心岩藻醣基化和雙唾液酸的醣型 (GP15, m/z: 1045.43 (4+), A4G5F1S2 醣型)，在肝癌中的含量明顯上升 (p value : 0.064)。有三條在位點N184的醣胜肽 (GP13、GP40、GP47)，在高濃度甲型胎兒蛋白是明顯上升的 (p value 分別為0.031、0.034、0.0342)。在未來我們希望這四個可能的醣胜肽可以與其他標記蛋白像是甲型胎兒蛋白，提供肝癌診斷的平台。
品牌聯名下產品期望失驗之消費者歸因研究
(2020) 陳昱如; Chen, Yu-Ju
本研究針對近年來最流行的品牌行銷策略品牌聯盟探討當時尚潮流品牌合作推出聯名商品時，若使消費者發生產品期望失驗，品牌權益、可控制性、涉入度三者間對消費者歸因之影響。本研究先回顧相關文獻，並推導三個假設，再運用實驗設計方法蒐集台灣消費者對於聯名球鞋發生產品期望失驗時之消費者歸因的實證資料，以驗證假設，有效樣本數為240份。本研究主要發現為：(1)搭檔品牌之品牌權益對消費者將失驗歸咎到主品牌上有顯著的負向影響效果，(2)搭檔品牌之可控制性對消費者將失驗歸咎到主品牌上有顯著的負向影響效果 (3)涉入度對前兩者變數的無顯著交互影響效果。換句話說，當發生產品期望失驗時，消費者將此不符合期望的負面消費體驗歸咎到主品牌的程度，是取決於搭檔品牌之品牌權益與可控制性，根據此研究結果本研究建議具有高品牌權益之知名品牌，可不尋求與知名品牌聯盟推出聯名商品；應挑選相較於品牌權益較低的品牌作為聯盟對象，且行銷聯名產品時，盡可能使消費者認知到合作夥伴對產品屬於高可控制性，便是最能保障自身品牌的品牌聯盟策略。
基於馬可夫決策過程之路徑規劃演算法用於複雜動態環境
(2023) 陳宥儒; Chen, Yu-Ju
本論文提出了一種基於馬可夫決策過程的機器人路徑規劃演算法。首先，需要將目標點設為一個正的獎勵訊號。其次，代理人每走一格就會有一個負的獎勵訊號。代理人必須最大化其長期累積的總獎勵，這也是代理人的唯一目標。利用根據能夠將長期獎勵最大化所得到的策略來決定機器人行走路徑。最後，將每個位置所得到的策略串聯來，就得到一條最佳路徑。此外，本篇論文透過設計馬可夫決策過程中的價值函數，使得規劃出來的路徑能與牆壁與移動障礙物保持一定的安全距離。最後，在本論文模擬中，代理人在產生第一條路徑之後，因應環境變化產生其他路徑相當迅速，且會主動閃避移動障礙物 ;而在實驗的部分，使用了搭載機器人作業系統 (Robot Operating System,ROS)的雙輪差動機器人在有移動的障礙物和移動的人時，皆能有效的產生閃避障礙物之路徑。此路徑規劃演算法是由馬可夫決策過程發展而成，也是現代機器學習的基石。有別於傳統的路徑規劃演算法，像是 Dijkstra、 A*、 D*之類的演算這些演算法無法在複雜動態環境有良好表現甚至無法適用於動態環境，本篇論文所提出的基於馬可夫決策過程路徑規劃演算法是以計算全域地圖上各點的獎勵訊號來決定路徑，在每個時刻、每一個點都會有一個預期回報的期望值，所以在動態變化較大的環境中可以比較即時的更改路徑因此其在動態環境的效率較佳。
打鬥勝敗經驗對攻擊性以及其與相關行為、生理和生活史特徵關聯性之影響
(2022) 陳昱儒; Chen, Yu-Ju
動物攻擊性的展現和個體本身的生理、形質及生活史特徵有關。攻擊性較高的個體通常在生理特徵上有較高的基礎代謝率、較高濃度的睪固酮與皮質醇；且伴隨其代謝率，個體在形質特徵上，有著較大的體型與器官組織，在生活史特徵方面，則可能是在能獲得較多食物的情況下，生長較快。動物的攻擊性也會與外在因子有關。像是個體近期有過的獲勝／落敗經驗時，其下次打鬥時有較高／較低的攻擊性（勝／敗者效應）。據以上所述，個體的攻擊性會隨著內在與外在因子改變而展現出適應性。動物攻擊性的展現也被發現會和其他行為有關。像是攻擊性較高的個體比較勇敢、有較高的進食傾向。同時，動物的攻擊性也被發現具有一致性。前人提出生活步調假說，認為動物的行為、生理、形質與生活史特徵為成套地相互有關，且會一同演化。生活步調假說預期，生活步調較快的個體，在行為上會具較高攻擊性和勇敢程度。此假說也預期生理與形質特徵上會有較高的基礎代謝率、較低的壓力反應，及相對較大的器官組織，來支持個體的較高攻擊性與勇敢程度。因此，生活步調假說也被前人認為可被應用來解釋攻擊性和其他行為有關，且有一致性的情況。過去有許多研究呈現勝敗經驗對攻擊性的影響，也有許多研究檢測個體攻擊性和其自身因子之間的關係。然而，尚未有研究探討，倘若攻擊性和個體自身因子有關，當勝敗經驗會改變個體攻擊性時，是否會一併改變這些與攻擊性有關的特徵，或是改變這些特徵間的關聯性。因此，我以北美紅樹林鱂魚(Kryptolebias marmoratus)為研究對象，針對其攻擊性，欲探討打鬥勝敗經驗對攻擊性及其相關的行為、生理與生活史特徵的影響，並進一步探討打鬥勝敗經驗是否會影響個體攻擊性與其生理、生活史特徵的關聯性。北美紅樹林鱂魚在野外與飼養環境皆會展現攻擊性，其攻擊性已被發現會受打鬥勝敗經驗影響。前人研究也顯示，在此魚中，打鬥能力較差的個體，打鬥勝敗經驗對其攻擊性的影響可能比較強。此魚的攻擊性也被發現與其耗氧量、睪固酮與皮質醇濃度呈現正相關。此外，北美紅樹林鱂魚其雌雄同體、自體受精的特性，可自成不同品系，也能在研究中利於控制其遺傳背景。有研究比較有著不同生活步調(性成熟速度)的品系，發現生活步調越快的品系，能量消耗越快，對乾旱環境的耐受度越低。這些研究皆顯示此魚相當適合用來回答本篇論文的研究目的。本篇論文共四章。我於第一章回顧與動物攻擊性展現有關的文獻，包含和個體攻擊性展現有關的自身因子、打鬥勝敗經驗對個體攻擊性的影響以及探討攻擊性展現有所限制的相關理論。在此章節，我也同時介紹北美紅樹林鱂魚其攻擊性的相關研究，並陳述本篇論文的目的及欲回答的問題。在第二章，我先探討個體攻擊性隨打鬥勝敗經驗改變的狀況是否會因個體本身的狀況而有所不同。在此研究中，實驗個體被給予指定的勝敗經驗後，測量其攻擊性於打鬥經驗處理前後的變化量。同時也檢測個體本身的狀況，包含打鬥能力、打鬥經驗處理前後的攻擊性、勇敢程度與耗氧量。此章主要結果顯示，打鬥能力較好的個體，在落敗經驗處理後，其攻擊性顯著下降。另外，本章結果也顯示，不論於打鬥經驗處理前或後，攻擊性越高的個體，其勇敢程度與耗氧量也都越高，代表此三個特徵在不同時間測量都有相關性。初步瞭解打鬥勝敗經驗對攻擊性的影響之後，我於第三章探討打鬥勝敗經驗是否影響個體攻擊性和行為（勇敢程度與進食行為）、生理（耗氧量、睪固酮與皮質醇）、形質（身體質量與鰓、肝臟與肌肉組織重量）與生活史特徵（產蛋量與生長速率），以及這些特徵之間的關係。同時，本章也檢測個體攻擊性與相關特徵之間的關聯性是否符合生活步調假說的預期。本章主要結果顯示，打鬥勝敗經驗僅影響攻擊性，不影響其他行為（勇敢程度與進食行為）、生理（耗氧量、睪固酮與皮質醇）與形質（身體質量），也不影響攻擊性與行為、生理、形質與生活史特徵間的關聯性。在本章中，特徵間關聯性的結果顯示，攻擊性越高的個體有較少的肌肉量且生長較慢。這樣的關係不符合生活步調假說的預期，且可能和能量有限的情況下，須對攻擊性與生長有所取捨有關。綜合第二章與第三章的結果，本篇論文顯示，打鬥勝敗經驗雖會影響攻擊性，但是並不改變攻擊性與及其相關特徵間的關聯性。針對此結論，我於第四章提出建議，未來可以透過研究與打鬥能力、能量代謝相關的生理路徑或機制，進而瞭解攻擊性與和其相關特徵之間的關聯性如何構成。
結合化學修飾與質譜分析方法鑑定受特定去乙醯酶作用之乙醯化受質蛋白體
(2017) 林欣儀; Lin, Hsin-Yi
離胺酸上的乙醯化(acetylation)是一種可逆的蛋白質後轉譯修飾，藉由乙醯基酶(lysine acetylase)加上乙醯基和去乙醯酶(lysine deacetylases)移除乙醯基所調控。蛋白質上的乙醯化在基因的轉譯上扮演著很重要的角色，包括去氧核醣核酸和蛋白質間的相互作用，蛋白質的穩定性，蛋白質的位置和轉譯的活性等。因此，了解細胞中不同去乙醯酶所特別調控的受質蛋白及修飾位點尤其重要。我們開發了一個利用化學修飾的方法，分別選用SIRT1和HDAC1兩種去乙醯酶作為此方法開發的模型，此方法結合化學標定以保護離胺酸之一級胺反應、去乙醯基反應，並將去乙醯的位點接上生物素，進而利用生物素和抗生物素蛋白的高親和作用力進行專一性純化，再利用質譜分析以鑑定去乙醯酶之受質蛋白及乙醯化的特定位點。為了驗證新方法的每一實驗步驟，利用兩段合成的胜肽，H3K4(SIRT1受質)和H3K27(HDAC1受質)進行每一步驟的確認，並優化每步驟的條件。再者，為了驗證此方法在複雜樣品的可行性，分別將H3K4和H3K27胜肽混進BSA蛋白質中進行驗證和鑑定，成功地在質譜中鑑定到H3K4和H3K27這兩條胜肽及其修飾位點，結果顯示純化H3K27的專一性為63.8%。我們將此方法應用於癌細胞(Hela cell)，希望能分析被特定去乙醯酶作用受體。為了增加鑑定到受質位點的機會，我們改良第一步驟化學標定以保護離胺酸的副產物，利用磺基-N-羥基琥珀酰亞胺-乙酸酯(sulfo-NHS-acetate)作為保護離胺酸的試劑，經過了條件優化後，成功地鑑定到H3K4和H3K27兩段胜肽並鑑定到812個被HDAC1去乙醯酶作用受質蛋白，其中包含1870條受質胜肽，其中40條受質胜肽為前人研究已經報導的受質蛋白。目前，我們尚未成功地鑑定到被SIRT1去乙醯酶作用受質胜肽，希望未來能找出原因並且解決問題。
結合等壓同位素標記增幅法與微流體晶片以分析超微量至單細胞蛋白質體學
(2023) 陳冠甫; Chen, Guan-Fu
以質譜法為基礎的蛋白質體學是一個步驟繁雜，且須搭配高品質液相串聯質譜儀的技術，使得在臨床蛋白質體學上研究超微量樣品時依舊是個挑戰。已知在微量到超微量樣品的前處理流程中，低樣品損失決定分析的靈敏度和蛋白質體覆蓋率。然而，以目前方法學處理超微量樣品上常伴隨著無可避免地顯著樣品損失，也造成在深度分析超微量樣品上是個難以解決的課題。為了解決在超微量樣品製備上的瓶頸，吾人志在開發精簡的樣品前處理流程並結合等壓同位素標記法以利訊號增幅在小於兩百顆細胞的超微量實驗。此研究的第一部分，透過人類非小細胞肺癌細胞取得胜肽後，再經由序列稀釋的胜肽來模擬及評估等壓同位素標記法應用於超微量樣品的可能性。結果顯示0.2奈克的胜肽在搭配40奈克的胜肽增幅技術下，可以鑑定到6177條的同位素修飾胜肽和986個無定量缺失值的蛋白。此後，吾人透過此實驗模型來優化超微量樣品的等壓同位素標記流程，結果顯示相較於過往數據94%增幅在同位素修飾胜肽其鑑定數從6177上升至11954，且有70%增幅在無定量缺失值的蛋白其鑑定數從986上升至1684。此研究的第二部分，開發精簡的樣品前處理流程並且結合優化的等壓同位素標記法以利於製備數以百計的人類非小細胞肺癌細胞樣品。吾人精簡化原先的液相水解流程，包括實驗反應的體積由20微升縮小至5微升，並省略同位素標記反應前的緩衝溶液置換流程，這些改動有效的增加在製備少量細胞樣本的樣品回收率。符合預期，以手動處理200顆人類非小細胞肺癌細胞樣品上獲得68%增幅在同位素修飾胜肽其鑑定數由3170上升至5334，和20%增幅在無定量缺失值蛋白其鑑定數由720上升至868。此外，皮爾森相關係數分析也透露此精簡化流程在處理相同細胞數的實驗下具有高度再現性，且在三重複的實驗中具有小於20%的變異係數。此研究的第四部份，吾人將優化的流程應用於小鼠外周血單核細胞（PBMC）和兩種與小鼠相關的細胞系巨噬細胞系（RAW 264.7）和Lewis肺癌細胞系（LLC1）以評估方法的性能。在200個細胞中，數據可靠地根據其蛋白質的豐度將細胞進行分群，並在生物信息學分析中揭示了它們的蛋白質功能差異。此研究的第五部分，將優化的流程與微型化平台-微流控晶片相結合，以發展高度精簡的前處理流程，晶片的整合使細胞分選、計數、成像和樣本處理得以在單個封閉系統下執行，有助於達到根據等壓同位素標記的單細胞蛋白質體學分析。通過在90分鐘的液相層析並結合200倍的胜肽訊號增幅技術，各個非小細胞肺癌的單細胞樣本可以鑑定到8123個同位素修飾胜肽及1230個蛋白鑑定數。此外，在三重複分析中，大於90%的共同鑑定蛋白是無定量缺失值的。最後，定量結果顯示參考樣本（2個細胞）較單個細胞樣本之間的平均同位素修飾胜肽豐度增加了1.6倍，意味著此方法具有客觀定性及定量各單細胞樣本的能力。
透過奈米探針親和質譜法探索消化道癌中血清澱粉樣蛋白A的變異模式
(2024) 游晴嵐; Yiu, Cing-Lan
血清澱粉樣蛋白A，是一種急性期蛋白，在許多文獻中都曾發表過SAA在多種癌症中皆有出現過度表達的情形。在我們先前的研究中，我們應用基於奈米探針的親和質譜法 (NBAMS) 來識別 24 個 SAA 變異，該變異模式可已用於區分胃癌 (GC) 患者與胃病和健康個體。然而，癌症中異質SAA變異的來源仍不清楚。以往的研究認為肝臟是SAA的主要來源。然而，我們對於SAA變異模式是否具有癌症特異性感到好奇。為了探討SAA的分泌機制以其在不同癌症類型的特異性，我們分析了患者的血清、正常以及腫瘤組織以及細胞模型中的SAA變異模式，後者可能可以用於人體內SAA的分泌和修飾的模擬。本實驗透過半自動奈米探針親和進行SAA的純化，並透過基質輔助雷射脫附游離飛行時間式質譜儀 (MALDI-TOF MS) 進行分析。在血清中，SAA 變異模式在 GC 的早期和晚期癌症中表現出差異。此外，SAA模式在GC（n=186）和肝癌（HCC）（n=38）中也顯示出不同的頻率。而肝癌細胞與胃癌細胞利用細胞激素刺激進行培養。為了驗證肝癌以及胃癌患者中的SAA分泌機制，將細胞模型中的SAA變異模式與癌症患者進行比較。肝癌腫瘤組織中，SAA的變異模式與肝癌細胞一致。GC 細胞系中也未檢測到SAA，只有在與肝癌細胞共培養後才得以發現。這表明肝臟和肝外 SAA 可能是不同的。最後我們也發現了活化血清中本身的蛋白酶，會增加N端截斷的SAA，這表示血清中的蛋白酶可能導致SAA的N端截短。我們的研究揭示了胃癌 (GC) 和肝癌 (HCC) 中血清澱粉樣蛋白 A (SAA) 具有不同模式，顯示癌症特異性。我們也發現SAA的分泌和修飾受到肝臟和肝外來源的影響，血清蛋白酶也可能導致其變異的原因。
高中職學生自尊、因應型態、拒網自我效能與網路成癮之相關研究
(2019) 陳珏汝; Chen, Yu-Ju
本研究旨在探討青少年網路成癮之相關關聯因素，並以三元影響理論（The theory of triad influence）觀點切入，採用該理論之「個體影響因素」之變項，探討青少年自尊、壓力因應型態、拒網自我效能對網路成癮之關聯與預測關係，並檢驗拒網自我效能於自尊對網路成癮以及因應型態對網路成癮之中介關係。本研究針對1,168位高中與高職學生進行「Rosenberg自尊量表」、「壓力因應量表」、「拒網自我效能量表」及「陳氏網路成癮量表」等問卷之施測，而後以描述統計、皮爾森相關分析及結構方程模式進行分析。研究結果顯示：（1）高中職學生平均每週上網時間為25.15小時（SD = 20.45），其中使用智慧型手機上網的每週總時數為17.92小時（SD =20.08）；（2）自尊與網路成癮呈顯著負相關且可負向預測網路成癮；（3）逃避-情緒導向因應與網路成癮呈正相關且可正向預測網路成癮；（4）拒網自我效能與網路成癮呈負相關且可負向預測網路成癮；（5）拒網自我效能部份中介自尊與網路成癮的關係；（6）拒網自我效能部份中介逃避-情緒導向因應與網路成癮的關係；（7）逃避-情緒導向因應可完全中介自尊與拒網自我效能的關係。本研究建議自尊、壓力因應型態及拒網自我效能，可分別作為網路成癮的遠程、近程及促發因素，並建議家長、教育及諮商輔導相關人員，可促進青少年的高自尊、減少於壓力情境下採取逃避或情緒化之因應方式、提升於高風險情境下能夠拒絕或停止上網之技巧，如此將可有效預防網路成癮之風險。